不同於前述的急性腸胃問題，『慢性腸病』的症狀出現得比較慢，而且通常會持續很長一段時間。常見的症狀包括腹瀉和體重下降。同樣地，造成慢性腸病的原因相當多元，像是食物不良反應、免疫系統失調或遺傳等，都可能是原因。

結腸是大腸的一部分，當這個部位發炎時，就稱為『結腸炎』。結腸炎的症狀通常非常典型，大多數貓咪都會表現出類似的跡象：看起來急著想排便、可能會很用力卻排不太出來（或只排出少量），而最典型的症狀之一，就是糞便中帶有鮮血及/或黏滑的黏液。

就和人類一樣，當貓咪便祕時，牠們會排便困難，而且上廁所的頻率也會大幅降低。

造成便祕的原因有很多：吃進骨頭、羽毛或毛髮會使糞便變得乾硬、難以排出；體內毛髮過多（尤其在長毛貓身上），或腸道蠕動遲緩，也會導致糞便乾硬、不易排出。

某些品種（例如暹羅貓）就比其他品種更容易出現腸道蠕動遲緩的問題。這種情況最終可能導致一種稱為『巨結腸症』的疾病

這是貓咪身上有的一種複雜疾病，僅根據模糊的徵兆很難診斷。相關徵兆包括嘔吐、嗜睡和食慾不振。對於貓咪來說，這種疾病似乎時有時無，並且經常與其他問題同時出現，例如不良食物反應和發炎性腸病。

貓咪會因為各種原因對某些食物產生不好的反應，這些我們統稱為『食物不良反應』。而所謂『真正的食物過敏』，其實想像中的少見，過敏原通常是雞肉、魚肉及乳製品等食物裡的蛋白質。食物過敏除了會造成嘔吐、腹瀉等腸胃症狀外，也會引起皮膚問題，像是發癢或是不停地舔毛。